当院は平成29年5月に、南海トラフの巨大地震に備えるため、高台への移転改築を行いました。
屋上にはドクターヘリ用ヘリポートや太陽光発電設備、自家発電装置を備えており、院内にはトリアージスペースや災害用備品倉庫を設けています。
また、立体駐車場の屋上部分は自衛隊や海上保安庁のヘリが離発着可能なヘリポートとしても使用でき、災害時には「先端災害医療拠点」として医療を提供していきます。
また、大規模災害発生時に、被災地へ派遣し、医療活動を行うための災害派遣チームDMATを組織しており、平時にも演習等を行っています。